Publiés en un seul volume, les tomes XV et XVI des Registres du Consistoire de Genève couvrent l’année 1559 et le début de 1560. Une maladie grave empêche Calvin d’assister aux séances pendant plus de trois mois en hiver et au printemps, mais le Consistoire continue à imposer sa discipline même en l’absence du réformateur. En 1559, la création du Collège, destiné à l’éducation de la jeunesse genevoise, coïncide avec l’importance croissante que le Consistoire accorde à la pédagogie, comme en témoignent les nombreuses actions contre l’absentéisme au catéchisme, impliquant principalement des jeunes hommes. Si quelques Italiens sont attirés par les idées de Michel Servet contre le dogme de la Trinité, de nombreux Genevois embrassent la foi réformée avec enthousiasme comme le montre l’interdiction de réserver des places pour d’autres personnes dans les temples bondés de la ville. Parmi les actions qui concernent le contrôle du mariage, on peut signaler la validation du mariage d’un évêque français et de sa concubine et le divorce accordé au marquis Galéas Caracciolo, petit-neveu du pape Paul IV, en raison de désertion, parce que son épouse catholique refusait de quitter l’Italie et de le suivre à Genève.