Sur ordre du prince Theo, l’armée britannique avait capturé et transformé en arme la trinité des déesses Munakata. Heureusement, Jin, épaulé de la déesse Isora, est parvenu à les sauver et à contrecarrer ainsi les plans du quatrième prince de l’Empire in extremis. Libérées, les divinités purifient les océans et les mers, rendant possible la navigation vers l’île de Mikurajima. Une équipe formée de Jin, Gao, Yukari et Mikasa est envoyée en expédition là-bas pour enquêter sur « l’empreinte du scellé ». Cependant, Miyo et Aoba, alertées par le comportement anormal de Mikasa, décident de s’infiltrer à bord du bateau...