La protection juridique du milieu marin, dans sa mise en œuvre au plan national, pose comme principe la prééminence de l'État côtier. Cette protection désormais nécessite qu'il soit fait place aux collectivités territoriales, aux régions et aux départements, notamment lorsque ces ensembles ont un caractère fortement maritime et insulaire. A cela, s'ajoute la problématique d'une coordination institutionnelle et administrative.