Tokyo sera le théâtre de l'Apocalypse.
Après des années loin de Tokyo, Kamui Shirô revient dans la capitale, marqué par la mort tragique de sa mère. Cependant, depuis son retour, le jeune homme se comporte de façon étrange : il rejette sans explication ses amis d’enfance, Kotori et Fûma, en les tenant éloignés le plus possible. En réalité… des pouvoirs magiques s’éveillent en lui, ce qui l'expose à des individus dangereux et à des manifestations surnaturelles.
La guerre fatidique de l'humanité se dessine à Tokyo... et Kamui pourrait en être la clé.